Pendant la guerre de Cent Ans, le Poitou sera le théâtre de luttes sanglantes d'autant plus que les Anglais cherchent à reprendre le contrôle de leurs anciennes possessions. Le château de Montreuil-Bonnin sera assiégé six fois entre 1346 et 1375.
Après avoir dévasté Poitiers en octobre 1346, le Comte de Derby s’empare de Montreuil-Bonnin. L'atelier monétaire est pillé, les monnayeurs tués, une garnison anglaise installée au château. L’incident est repris par les chroniqueurs de l’époque : «Les Anglois vinrent devant où il y avait eu un temps, plus de deux cents monnayeurs qui, là, forgeoient et faisoient la monnaie du Roi et qui dirent que trop se défendraoient. Si nous ne voulurent rendre à la requête des Anglois et montrèrent grand semblant d'eux défendre le Comte Derby et ses gens, qui étoient les archers devant, qui traiont aux défendans si ounieement qu'à peine au soir, nul apparoir aux défenses, et tant s'avancèrent lesdits Anglois et s'y éprouvèrent, que par la force ils conquirent Montreuil Bonnin ; et firent de ces morts qui dedans étoient. Oncques homme n'y fut mis à rençon ; et retinrent le châtel pour eux, et le rafraîchirent de nouvelles gens ; et puis chevauchèrent outre vers Poitiers, qui moult grand et moult espars». L’atelier monétaire ne se relèvera jamais de cette fin sanglante, il aura été actif environ 150 ans.
En 1347, Guillaume de Vouvray capitaine de la châtellenie de Montreuil-Bonnin, défend la forteresse contre les Anglais. En 1351, alors que Guichard d'Ars est sénéchal du Poitou, le château de Montreuil-Bonnin est aux mains des Français. Après les batailles de Nouaillé et de Maupertuis et le traité de Brétigny, signé en 1360 entre Jean II le Bon et Edouard III d'Angleterre, les Anglais reprennent possession du Poitou.
C’est dans le cadre du traité de Brétigny que le château est cédé en septembre 1361 à Jean Chandos, commissaire du Roi d’Angleterre. A Noël 1369, alors que Simon de Burleigh est à la tête de la forteresse, Jean de Bueil et ses hommes défont la garnison anglaise de Montreuil-Bonnin : «…Jehan de Bueil desconfit la garnison d’Englois qui estoit à Monsteruel Bonnine et furent bien plus de … combattants mors et prins et là fut prins Symon Burelle, capitaine d’iceulz Englois et fut une besogne bien durement combattue…» Néanmoins, cette attaque subite laisse la forteresse aux mains des Anglais qui la tiendront encore jusqu’en 1373.
Il semble que c'est à cette date que le connétable de France, Bertrand du Guesclin, s’empare du château de Montreuil-Bonnin, avant de le reperdre temporairement au début de 1375. Le 1er décembre 1377, du Guesclin le cède à Jean de France, Duc de Berry, contre une forte somme d'argent.
A la mort du Duc de Berry, en 1416, Montreuil-Bonnin revient à la Couronne. Le Roi Charles VI le donne avec le comté de Poitou en apanage au Dauphin Charles, qui devient Charles VII en 1422. En mai 1423, Charles VII aliène le château et la châtellenie au profit de Laurent Vernon, écuyer du Royaume d’Ecosse, en échange de John Beaufort Comte de Somerset, arrière petit-fils d'Edward III et cousin germain d’Henri V roi d'Angleterre, que Laurent Vernon avait capturé à la bataille de Baugé en 1421. Le Roi de France voulait échanger Somerset contre Charles d'Artois, Comte d’Eu, que les Anglais détenaient depuis la bataille d’Azincourt en 1415. La Châtellenie, terres et seigneurie de Montreuil-Bonnin furent ainsi cédés à perpétuité à l'Ecossais. Cette aliénation fut confirmée par lettres datées d'Amboise en novembre 1441. Tout au long de l’Ancien Régime cette aliénation d’un bien de la Couronne, par définition inaliénable, fit l’objet de nombreuses contestations aux quelles ont répondu une succession de lettres patentes en 1483, 1532, 1543, 1583, 1612, 1657 et 1763 qui sont venues confirmer la concession de la terre de Montreuil aux Vernon et leurs descendants.
Les Vernon cherchent à asseoir leur autorité seigneuriale au prix de nombreux démêlés avec les habitants et propriétaires des terres avoisinantes. Ainsi, en 1444, Laurent Vernon s’oppose à tous ceux qui avaient bâti des places fortes dans sa châtellenie. Son fils Jacques s’en prend quelques années plus tard aux habitants de Vouillé pour les obliger à venir faire le guet au château. Jacques Vernon, qui fut Chambellan du Roi, transmet à sa mort en 1487 un important domaine composé de neuf paroisses : La Chapelle Montreuil, Béruges, Benassais, Vasles, Vausseroux, Ayron, Chiré en Montreuil, Latillé et Vouillé. Son fils ainé ayant été tué accidentellement d’un coup d’arbalète, c’est son deuxième fils Jean qui hérite du fief. En 1491, le Sénéchal du Poitou intervient au profit des moines de Sainte Radegonde après un vol commis par les hommes d’armes de Jean Vernon. En 1492, Jean interdit de fortifier le bourg de Vouillé, malgré une autorisation royale. Jean décède prématurément et son frère Raoul rend hommage comme seigneur de Montreuil en 1494. En 1514, Raoul Vernon devient grand Fauconnier de France.
Arthuse Vernon, arrière-petite-fille de Laurent et fille de Raoul Vernon et d'Anne Gouffier, épouse Charles de Téligny, commandant de la cavalerie royale d’Henri II et compagnon d’armes de l’Amiral de Coligny pendant le siège de Saint-Quentin par les Espagnols en 1557. Leur fils Charles, que l’on retrouve dans le parti Huguenot dès 1567, épousera le 27 mai 1571 Louise, la fille de l’Amiral de Coligny. La fille d’Arthuse et de Charles de Téligny épousera quant à elle François de la Noue, fameux chef huguenot d’origine bretonne. Le château de Montreuil-Bonnin restera dans les mains de leur descendants jusqu’à la veille de la Révolution.
François de La Noue est surnommé "Bras-de-Fer", en raison de la prothèse qu’il se fait confectionner, après avoir perdu un bras au cours d’un combat malheureux à Fontenay en 1570. Gratifié aussi du surnom flatteur de "Bayard huguenot", il reste l’une des belles figures héroïques d’une famille qui s’est illustrée pendant près d’un siècle dans les combats guerriers, certes, mais aussi dans les négociations diplomatiques, les écrits philosophiques et politiques et la poésie. Il est notamment l’auteur des Discours politiques et Militaires. Il combat la Ligue catholique avec Henri IV à Arques en septembre 1589 et à Ivry, la bataille du "panache blanc"- en février 1590. Il meurt à Moncontour, des suites d’une blessure à la tête reçue au siège de Lamballe en 1591. Le roi Henri IV disait de lui : «C’est un grand homme de guerre et un plus grand homme de bien». Pour Brantôme, c'était «Le plus grand capitaine que nous eussions aujourd'hui en France».
Pendant cette période confuse, le château de Montreuil-Bonnin devient un point d'appui des huguenots aux portes de Poitiers. L’église réformée de Montreuil semble être l’une des plus importantes de la région. Durant le siège de Poitiers par les protestants en 1569, Montreuil-Bonnin sera même le quartier général des assiégeants.
La forteresse passe ensuite aux mains des ligueurs ; les huguenots l'investissent à nouveau en juillet 1592. En 1593, les ligueurs de Poitiers décident de prendre des places protestantes autour de cette ville et le Comte de Malicorne vient assiéger Montreuil-Bonnin. Quatre canons ouvrent une brèche, l'assaut est donné et la bataille gagnée. Les défenseurs, La Piérière et La Paupane, ainsi que vingt-deux soldats sont pendus «lesquels essaient si leur col pourrait par force emporter un créneau» nous dit un "plaisant" chroniqueur.
Au total, on prétend que pendant les troubles religieux, le château sera pris et brûlé jusqu'à trois fois. La forteresse semble avoir subit de graves détériorations pendant toute cette période, d’une part parce que le seigneur du lieu était protestant et d’autre part du fait de l’intérêt militaire de la place. En 1594, Odet de la Noue, le fils de François, demeure le seigneur de Montreuil. Au début du XVIIème siècle, Claude de la Noue, le fils d’Odet continue d’assurer la protection de l’église réformée de Montreuil qui perdurera jusqu’à sa mort.
Depuis cette époque, au tiers de la hauteur de la tour ouest du châtelet d’entrée, un boulet métallique a été encastré dans le mur, en dessous duquel ont été gravés quelques mots latins rappelant le souvenir de la Ligue: "VLTIMA : RATIO : REGVM : 1593".
En 1646, Marie de la Noue la fille de Claude et de Dame Marie Modeste de Saint Georges de Vérac épouse Léonor Antoine de Saint Simon, Marquis de Courtomer. Le château passe donc par mariage aux mains de cette famille qui le possédera jusqu'à la fin du XVIIIème siècle.
En 1774, Antoine Léon Pierre Marquis de Courtomer et Comte de Montreuil vend la terre de Montreuil-Bonnin à un certain Forien, receveur des Tailles de Poitiers pour 203 000 livres. Ce dernier fait banqueroute et ses créanciers mettent en vente le domaine en 1783. A la suite de longues et tortueuses procédures, la châtellenie est déclarée domaniale et adjugée, le 26 juin 1784, à Charles d'Artois, futur Charles X.
À la Révolution, ce dernier émigre. Ses biens sont confisqués et mis en vente par le district de Lusignan au début de juillet 1795, le 29 Messidor an III de la République. Le domaine fut racheté par un certain Claude Marie Bonnefond. Le château fut alors en partie ruiné et utilisé comme carrière. Les charpentes et les couvertures furent démantelées, les murs dépouillés de leur revêtement, les créneaux des tours renversés, la partie la plus vaste et la plus ancienne du logis fut abattue. A son retour d’exil, le Comte d’Artois récupère ses domaines séquestrés mais le château ne lui appartient plus.
Sauvé de la ruine complète en 1836 par Monsieur Félix Dupuy-Vaillant, qui sera maire de Montreuil-Bonnin de 1852 à 1860, la forteresse est classée au titre des monuments historiques dès 1840. Elle figure dans la première liste dressée par Mérimée à cette époque.
En 1862, le château est acheté par monsieur Pierre Ernest Chénier, aïeul des propriétaires actuels. A son décès en 1885, il laisse le domaine à sa fille Louise épouse de Monsieur Mérault. Madame Mérault le transmettra à son tour à ses filles Marthe et Renée. Marthe, mariée à monsieur Georges Hacault transmettra le domaine à son fils Maurice qui sera maire de Montreuil jusqu’en 1966. On doit à Maurice Hacault la dernière grande campagne de restauration du château : les remparts sont délierrés et renforcés, la tour sud-est est consolidée, le châtelet d’entrée est protégé par une terrasse en béton et les communs qui l’enserrent de part et d’autre sont détruits, le toit du logis Renaissance est surélevé et un jardin à la française est créé dans la partie est du plateau de la forteresse.
Monsieur et Madame Maurice Hacault, qui n’ont pas d’enfants, vont adopter leurs nièces, Michèle et Chantal Hacault filles de Jean, frère de Maurice. Au décès de Madame Maurice Hacault en 1980, sa fille Michèle et son mari Yves de Beaucorps vont entretenir le château pendant plus de trente ans avant de le transmettre en 2012 à leur fille Isabelle Dupont.